Les comptes-titres sont protégés par la Fonds de protection des dépôts et des instruments financiers.

Le Fonds de protection a pour mission d'indemniser les épargnants qui subissent un préjudice en cas de défaillance de leur banque, société de bourse ou entreprise d'investissement.
Il offre une double protection :
- la première protection couvre la perte d'avoirs en espèces détenus sous forme de dépôts en compte ou de bons de caisse.
- la seconde protection intervient lorsqu'un client n'est plus en mesure de récupérer les instruments financiers (actions, obligations, fonds commun de placement, sicav, ...) confiés à l'établissement défaillant.

Toutes les créances d'un client d'une institution défaillante résultant de dépôts en espèces, sont additionnées et l’indemnisation du Fonds s'élève à maximum € 20.000 pour ce type d'avoirs.
Si ce client subit également une perte a la suite de la non restitution d'instruments financiers, une autre indemnisation de maximum € 20.000 peut être obtenue. Ces deux remboursements étant cumulables, le montant maximum que le Fonds peut octroyer peut donc atteindre € 40.000, selon la nature et le montant des actifs confiés à l'établissement défaillant.
Chaque particulier titulaire de comptes d'espèces ou de titres auprès d'un établissement de crédit ou d'une société de bourse défaillant entre en ligne de compte pour l'obtention d'une indemnisation.
Si différentes personnes (par exemple des époux) peuvent faire valoir des droits sur des avoirs détenus sur un compte commun, chacun d'eux peut respectivement prétendre à une indemnisation à concurrence de deux fois € 20.000 maximum.

Précisons que ce n'est pas parce qu'une banque tombe en faillite que vos avoirs en compte-titres sont menacés. Ces derniers n'entrent en effet pas en ligne de compte pour établir le bilan de la banque. Ce n'est qu'en cas de malversation ou de faute de la banque que la récupération des avoirs en compte-titres est menacée.